魔术师的世界中, 众所周知的两个培育魔术师的组织分别为“计时塔”与“圣堂教会”。
两者虽然同为培养魔术师的组织, 但是因为二者不同的成立理念, 以及不同的处事风格和准则，自成立之后双方就维持着微妙的对立立场。
然而实际上除了这两者之外，在魔术师的世界中, 还有两个更加神秘的魔术师组织。
“阿特拉斯院”与“彷徨海”。
前者据说组织内的所有魔术师都已经死亡，整个组织已经陷落, 后者则将本部设置在北大西洋中, 不仅组织的行事教义神秘莫测，连位置都是外人难以找到的飘忽不定。
然而事实上，抛开行踪不定，近年来也没有人员外出的“彷徨海”不提。传闻中组织内全部魔术师都死亡的“阿特拉斯院”却并非外界传闻那样已经陷落。
在这个魔术师的组织内部，还运作着一个更加神秘的部门——没有人知道他们的行动宗旨，也没有人清楚部门安设在什么地方。仿佛幽灵一般存在于世界上，进行着几乎所有魔术师都追求的, 关于“根源”的研究。
在没有任何文字记载的事故发生后，“阿特拉斯院”内部的魔术师们并非像传说中那样全部死亡，而是拆分成了不同的组部，为达成最终的目标而努力。
他们认为他们已经发现并且掌握了“根源”的真谛，只是他们需要一些方法和时间来证明。
这时, 有一个来自日本的魔术师通过一个特别的途径, 加入了“阿特拉斯院”, 提出了可行性非常高的实验方案, 并且主动提出, “实验材料”可以由他来提供。
于是，关于“根源”的魔术研究就这样进入了实验阶段，这位来自日本的魔术师也顺理成章的成为了这个实验的负责人。
他以自己的姓氏作为这个实验的代称——“叶室”。
这场实验正式开始于十五年前，“阿特拉斯院”的魔术师们穷尽自己所有的魔术知识，以及对“根源”的理解和掌握程度，试图将日本魔术师叶室真之介带来的“实验对象”变成最完美的作品。
当然最初的时候，因为实验对象的不可控性，造成了很多失误。
众魔术师们虽然因此感到无可奈何，但是毕竟实验对象是一个刚足月的婴儿，倘若因为他没有主动配合魔咒，而是因为饥饿哭喊着破坏了魔术痕迹而苛责他，实在是有些吹毛求疵的挑剔了。
好在令各位头疼的情况很快就被叶室真之介解决了：他从日本带来了以某个家族家传的虫咒术，经由他改良过后，在保证不会伤害实验对象的情况下，将刻印虫置入他的体内，以此最大程度上控制着实验对象配合魔术的研究。
在这个过程中，也有魔术师提出既然实验的对象是人类的话，为什么不直接使用本部的人造人进行实验。
叶室真之介给出的答复是：“因为那是我的孩子，我相信他有着比谁都更接近根源的资质。而且人造人终究是有缺陷存在的，以缺陷之物怎么可能达到完美的地步？”
彼时，参与了“叶室”研究的魔术师们都赞同了叶室真之介的说法，少有感觉到不赞同的人，也并不在“阿特拉斯院”内部，而是在叶室真之介的家中。
即叶室真之介的妻子，叶室纱希。她与魔术师不同，是拥有另一种才能的人类，并且自从才能被挖掘后，就一直在为有着官方背景的编外组织做事，也与魔术教会和计时塔打过交道。
她虽然深爱叶室真之介，但却始终不能理解丈夫作为魔术师对“根源”的追求与狂热。
特别是在叶室真之介用充满蛊惑的话，让她同意送刚出生的两人的孩子到“阿特拉斯院”，成为“叶室”计划的核心之后。
叶室真之介不仅从日本，不知以何种方法学到了许多魔术家族家传的魔术，全都用于“叶室”计划中。甚至还乔装身份，不可思议地加入了“彷徨海”、“计时塔”两个魔术组织中，成为其中备受人尊敬的魔术师，得到了更多的魔术文献。
这其中，包括“彷徨海”制造出的一个残次品伪圣杯，和关于人造人承载小圣杯的资料。
叶室真之介拿到这两样东西，仿若疯魔般陷入夜以继日的研究。而他的才能与资质没有辜负他，真的让他找到了新的思路。
他结合了彷徨海制造伪圣杯的技术，以及人造人承载小圣杯的思路还有刻印虫三者，将当时还不满一岁的孩子制成了理想中的“圣杯”。
庞大的力量几乎摧毁了那个孩子的身体，但在叶室真之介疯狂的想法确实得到实现的情况下。
那个孩子的身体上不断长出咒印，然后又因为无法承受而溃烂，接着又被那深入身体的力量修复身体。最后所有的咒印都仿佛天生一般，完全融入了他每一寸血肉，遍布每一块骨骼。
当叶室纱希看到被繁复的魔术阵法围在正中，浑身都是咒印痕迹的婴儿时，简直不敢相信这是自己与深爱之人的孩子。
——他们甚至都还没有给那个孩子取上一个名字。
叶室纱希意识到自己做了一个多么错误的决定。她先是尝试着与叶室真之介沟通，终止所谓的“叶室”计划，早已因为成果陷入狂热之中的叶室真之介理所当然地拒绝了纱希的要求。
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